IKIAM ha establecido seis áreas de interés para desarrollar sus investigaciones científicas. Estas tienen un impacto de pertinencia global; y pertinencia nacional, que están vinculadas al Plan Nacional del Buen Vivir (PNBV). Las áreas de interés son: Cambio Global, Agua, Energía, Salud, Educación, Soberanía y Seguridad Alimentaria.